El Departamento de Matemática Aplicada se constituyó en julio de 1987, desde entonces ha sido responsable de la docencia de todas las asignaturas del área de conocimiento Matemática Aplicada, que se han impartido y se imparte en en la E. U. de Informática. Actualmente tiene adscritos 19 profesores, una secretaria administrativa y un técnico de laboratorio.